单病种付费是医保支持改革中一项重要工作，2017年医改重点工作任务中明确要求“2017年年底前所有城市实行按病种收费的病种不少于100个”。

因此医院各临床科室在执行单病种收费时，实际发生的费用超过单病种限制金额时理应计入科室成本支出。

而每个病种成本每家医院的实际发生额也不一致，因此建议医院协助临床科室做好临床路径管理及单病种成本分析工作。建议刚开始执行前夕，科室单病种超限额部分的金额，由医院与科室共同承担。

根据科室对病种成本控制力度的大小及临床路径实际执行的情况再进一步确定医院与科室各自分摊的比例为佳。