新老方案核算的理念与具体办法不同，对历史数据测算结果也会不同，即使是医院有足够的绩效改革增量调整预算，也会出现个别科室低于原发绩效水平的情况，为让科室能接受并适应新绩效方案，一般可采以下处理办法。

1.公布新方案并进行新方案的具体宣导培训工作。

2.公布新方案测算过程中采用的各项指标数据，并让科室自行查看梳理。

3.进行试运行的磨合，让科室有心理预期与准备。

4.特别是新方案结果低于老方案的科室核算单元，进行辅导时一定要给科室做细致的分析并指出科室的不足与努力方向。

5.如有条件，医院可在一段时间(半年至一年)内实行新老方案同期差异的阶梯补助，让部分科室做到不比以前低太多的情况下，调整状态，适应新方案。