医院的成本包含固定成本和变动成本，固定成本不以业务量的变化而变化，它是由房屋折旧、设备折旧、人员固定工资为主要项目组成的，变动成本由医用耗材，水电开支等等构成，随业务量的变化而变化。在“全成本核算”中，固定成本是科室无法控制的，完全按照财务核算的原则分摊给科室，不管科室收入多少都要扣除，这就会出现科室收入少于成本时，也就是没有收支结余时，科室就没有绩效工资。

另一方面，全成本核算时还会出现两种情况，一是当科室开展新技术、新业务初期，投入的设备折旧会加大科室成本比例，降低收支结余比例，意味着绩效工资会减少，二是医院的成本价格是由市场调控的，而医院的收费则是由政府调控，非常滞后，就会出现科室收入增长幅度慢与成本增长幅度，同时意味着收支结余比例下降，绩效工资增长缓慢或者不增长，这两种情况都会影响员工的积极性。

全成本核算公式为全收入减去全支出，在科室成本支出里，变动成本在总成本中占的比重很轻，科室人员努力节约变动成本，对绩效而言造成的差异不大，大家会有动力去节约成本吗？所以说用科室全成本核算的方法计算绩效工资至少有以下弊端：

1．不能真正控制需要控制的成本。

2．对以社会效益为主的科室员工不公平。

3．把快速增长的医院成本转嫁给员工。

4 . 不利于鼓励科室开展新技术、新项目。